Como parte integrante do povoado que é hoje a vila das Lajes das Flores, a Fazenda deve ter começado a ser povoada pela mesma altura. Ou seja nas primeiras décadas do século XVI. A tradição local aponta como núcleo inicial de fixação o lugar da Eirinha Velha, correspondente à zona mais abrigada e fértil do povoado actual.

Datando apenas de 1919, a freguesia da Fazenda foi a última a ser criada na ilha das Flores, por desanexação da parte norte da vila das Lajes das Flores, completando o actual mosaico administrativa da ilha. Por ser tão recente, são poucos os cronistas açorianos que se referem à existência da localidade. Ainda assim, o cronista florentino José António Camões, ao descrever a ilha, afirma que, após a Ribeira Funda, cousa de 55 braças corre ao mar de cima de uma rocha outra ribeira chamada da Fazenda. Continuando para su-sueste, ainda na mesma baia, está uma pequena pedra chamada baixa do Cherne. Pouco distante da tal baixinha está uma pequena ponta chamada a Ponta da Fazenda [1]

Naquela obra, José António Camões indica que à época (inícios do século XIX), a Fazenda das Lajes contava com 72 fogos, num total de 395 almas, sendo 198 homens e 197 mulheres. Apesar de dizer que no lugar se fabrica a melhor telha da ilha, e hé onde antigamente se criavam os homens, mais fortes e mais robustos, mais animosos de ambas as ilhas, a miséria era tal que o lugar continha apenas 35 casas de telha, sendo as restantes casas cobertas de colmo. Apenas 5 homens andavam então calçados.

À medida que a povoação foi crescendo, foram surgindo vozes que advogavam a criação de uma paróquia independente. O primeiro passo foi conseguido em 1904, quando foi criado o curato do Senhor Santo Cristo da Fazenda das Lajes. O primeiro cura foi o padre Francisco Cristiano Korth, cuja côngrua era paga pelo povo da localidade.

Aparentemente devido às dificuldades de relacionamento que surgiram entre o Estado português e a Santa Sé após a proclamação da República Portuguesa, o curato seria mantido até 1959, mesmo depois da localidade já ser freguesia civil independente desde 1919.

A criação da freguesia da Fazenda foi uma das causas assumidas pelo benemérito e político florentino senador João Joaquim André de Freitas (1860 — 1929), que logo aquando da elevação a curato católico. Contudo, os esforços iniciais não tiveram êxito e apenas pela Lei n.º 915 da República, datada de 9 de Dezembro de 1919 e obtida por iniciativa do senador José Machado de Serpa, o lugar foi desmembrado da Matriz de Nossa Senhora do Rosário das Lajes, passando a freguesia com a designação de Fazenda. É o seguinte o teor daquela Lei:

Ministério do Interior. Direcção Geral da Administração Política e Civil. Lei n.º 915 — Em nome da Nação, o Congresso da República decreta e eu promulgo a lei seguinte:

Artigo 1.º: É criada uma paróquia civil constituída pela povoação da Fazenda, que actualmente faz parte da paróquia das Lajes, na Ilha das Flores, distrito da Horta, com as confrontações seguintes: norte Ribeira Funda, sul Grota do Telhal, leste Barrocas do Mar, oeste o Rochão do Junco e Cruzeiro.

Artigo 2.º: O Governo nomeará comissões que, em substituição das Juntas de Paróquia da Fazenda e Lajes, fiquem gerindo a administração paroquial até que se procede a eleição.

Artigo 3.º: Fica revogada a legislação em contrário.

O Presidente do Ministério e Ministro do Interior o faça imprimir, publicar e correr. Paços do Governo da República, 9 de Dezembro de 1919. António José de Almeida – Alfredo Ernesto de Sá Cardoso.

Contrariando o hábito de existir coincidência entre as paróquias católicas e as freguesias civis, apenas por alvará de 10 de Novembro de 1959, do bispo de Angra D. Manuel Afonso de Carvalho, foi o curato da Fazenda elevado a paróquia com todos os direitos e deveres previstos no Direito Canónico, tal como refere no referido alvará:

Dom Manuel Afonso de Carvalho, por mercê de Deus e da Santa Sé Apostólica Bispo de Angra e Ilhas dos Açores — Aos que esta Nossa Carta de Sentença virem de Saúde, Paz e Benção em Jesus Cristo Nosso Divino Salvador.

Fazemos saber que, tendo-Nos sido pedida a erecção da paróquia do Senhor Santo Cristo da Fazenda, Ouvidoria das Lajes, Ilha das Flores, depois de observados os trâmites de estilo, Demos e Proferimos nos respectivos autos a Sentença do teor seguinte:

Considerando que o Curato do Senhor Santo Cristo da Fazenda, Paróquia de Nossa Senhora do Rosário, ouvidoria das Lajes, Ilha das Flores, desta Diocese, tem uma população de seiscentos e setenta habitantes;

Considerando que existe neste Curato uma igreja ampla, dotada de todas as alfaias para o culto;

Considerando que há dificuldades em a população se deslocar à igreja paroquial das Lajes que dista cerca de três quilómetros;

Considerando que não é possível atender-se ao bem espiritual de tão grande número de fiéis, conforme o cânone 476;

Considerando que os habitantes do referido Curato se comprometem a contribuir para o necessário para a sustentação do culto e dos seus ministros, segundo o cânone 1410;

Tudo visto e ponderado, depois de ouvido o Cabido da Sé Catedral e todos os interessados, Havemos por bem:

a) Desmembrar o Curato do Senhor Santo Cristo da Fazenda da Paróquia de Nossa Senhora do Rosário e erigi-lo em Paróquia com todos os direitos e privilégios e deveres expressos no Código de Direito Canónico, sendo considerada paroquial a Igreja dedicada ao Senhor Santo Cristo;

b) Determinar os seguintes limites: A linha divisória é ao Sul a Grota do Telhal desde a Rocha do Mar até à Pedrinha; daqui segue em linha recta até à Pedra das Alfaces, passando através dos prédios de João Gomes Vieira, herdeiros de João Maurício de Fraga, herdeiros de António José Armas e José Trigueiro Gomes e José Pereira Gomes, Jerónimo Gonçalves Trigureiro e António Coelho Gomes e Floriano Rebelo; da Pedra das Alfaces segue em linha recta até à Boca do Cruzeiro através do prédio através do prédio de Floriano Rebelo. Ao oeste, segue da Boca do Cruzeiro até à Caldeira de Lomba passando pela vereda da Lama e pelo prédio de Jorge Gomes de Fraga, situada entre o Rochão do Junco e a Ladeira da Caldeira da Lomba. Ao norte, desta Ladeira da Caldeira da Lomba segue em linha recta até à nascente da Ribeira Funda, passando através do Baldio, denominado Horta do Calixto; e pela Ribeira Funda segue até à sua foz na Rocha do Mar. Ao leste segue pela Rocha do Mar, situada entre a foz da Ribeira Funda e a foz da Grota do Telhal incluindo o Pesqueiro, a Ponta do Capitão e a Baixa Comprida.

c) Nomear como Pároco o Reverendo Padre José Vieira Gomes, com o título de Reitor.

Passe-se instrumento da Sentença, na forma do estilo, e seja publicada no Boletim Eclesiástico dos Açores e no jornal A União. — Angra do Heroísmo, 10 de Novembro de 1959. — Manuel, Bispo de Angra.

A primeira pedra do templo que viria a ser a igreja paroquial da Fazenda foi lançada a 1 de Agosto de 1896, na presença do bispo de Angra, D. Francisco José Ribeiro de Vieira e Brito, então em visita pastoral às Flores. A igreja foi construída em terrenos comprados a Maria do Rosário Vieira, tendo a sua nave sido iniciada em 1897, ficando concluída em 1901. A capela-mor apenas foi dada por terminada em 1904, ano da criação do curato. Foi mestre da obra, João Jacinto Teixeira, sob a orientação do vigário da Matriz de Santa Cruz, monsenhor Henrique Augusto Ribeiro, um dos grandes apoiantes da edificação desta igreja, tal como sucedeu com as que foram levantadas, por essa altura, nos lugares da Ponta da Fajã Grande e na Fazenda de Santa Cruz. O auto de bênção, que refere que os fazendenses haviam edificado com o suor do rosto e donativos desta ilha e dos Estados Unidos da América, realizou-se no dia 25 de Março de 1906. Os retábulos da Igreja datam desse ano e são da autoria do artista faialense Manuel Augusto Ferreira da Silva. A construção da sacristia norte data de 1967. Nos anos de 1972 e 1973 a igreja sofreu várias obras de restauro e de beneficiação. Da sua imaginária, destaca-se um Bom Pastor, adquirido em 1912.

A Fazenda, pela sua localização na estrada que liga as duas vilas da ilha, rapidamente se assumiu como um local privilegiado para a fixação de serviços governamentais destinados a servir ambos os concelhos. Foi assim que se fixaram na freguesia os Serviços de Desenvolvimento Agrário das Flores, o mais importante departamento governamental da ilha e, mais recentemente, os Serviços de Ambiente das Flores e Corvo, responsáveis pela administração ambiental nas ilhas do Grupo Ocidental.

No âmbito do movimento do sindicalismo agrícola florentino, o cooperativismo dos produtores de leite iniciou-se na Fazenda a 4 de Abril de 1919, data da escritura de constituiu da Fructuária de Produção de Lacticínios da Freguesia do Senhor Santo Cristo dos Milagres da Fazenda, mais tarde, Cooperativa Agrícola Fructuária de Produção de Lacticínios Senhor Santo Cristo, feita na presença do promotor do movimento na ilha, o florentino padre José Furtado Mota.

Por escritura de 29 de Novembro de 1950, foram aprovados novos estatutos e a cooperativa passou a designar-se por Cooperativa Agrícola de Lacticínios do Senhor Santo Cristo, SCARL, cuja direcção era constituída por Fernando Pereira Gomes, Francisco de Freitas Silva e Fernando Gomes Trigueiro. O principal produto era a manteiga, então conhecida como milagrosa por ser de natas iguais produzidas num único posto de desnatação, sito no lugar da Ribeirinha.

Em 1968, a Cooperativa Agrícola de Lacticínios do Senhor Santo Cristo, SCARL, foi pioneira na ilha ao adaptar o seu equipamento e destinar a maior parte do seu leite ao fabrico de queijo do tipo Queijo de São Jorge, reduzindo ao mínimo a produção de manteiga, até então o único produto comercializado pelos sindicatos agrícolas da ilha.

Quando a competitividade no sector cresceu, a pequena cooperativa agrícola da Fazenda às de outras freguesias florentinas, fundando a União de Cooperativas da Ilha das Flores UCRL, destinada a garantir a qualidade da produção de lacticínios na ilha das Flores. Esta entidade, agora com fábrica nos Vales, Santa Cruz das Flores, continua a ser um dos pilares da economia florentina.

Na década de 1940 funcionou na Fazenda uma empresa baleeira pertencente a Francisco Nunes Azevedo.

A freguesia albergou também uma importante estação do sistema LORAN, do tipo LORAN-A, operada pela Armada Portuguesa e hoje extinta por obsolescência daquele tipo de ajuda à navegação. A Estação LORAN das Flores fazia parte de um conjunto de quatro estações instaladas pela NATO em território português no ano de 1965 (em Sagres, Porto Santo, ilha de Santa Maria e Flores). Quando em 31 de Dezembro de 1977 foram desligadas as estações LORAN-A, a Marinha Portuguesa optou pelo sistema Omega, levando ao encerramento da estação. O edifício da antiga estação LORAN é hoje a sede dos Serviços de Ambiente.